A maggior profondità, il sottosuolo di Morbio Inferiore ha origini ben più antiche testimoniate nelle Gole della Breggia dalla presenza di rocce vecchie di centinaia di milioni di anni.
Infatti, nella parte bassa della Valle di Muggio, il torrente Breggia taglia naturalmente e mette allo scoperto, lungo una tratta di circa 1,5 km, una serie di rocce formatesi sul fondo del mare Tetide durante un periodo che va dal Giurassico (160 milioni di anni fa) al Cretaceo (60 milioni di anni fa).
Queste rocce costituiscono un documento eccezionale che copre quasi ininterrottamente gli avvenimenti geologici succedutisi nell'arco di quasi
100 milioni di anni.
Considerate anche le altre formazioni più recenti del Terziario ed i depositi glaciali del Quaternario descritti in precedenza, si ottiene un profilo geologico quasi completo che va dal periodo Giurassico fino al Presente. In poche località della Svizzera esiste, su di un territorio così ristretto, una ugual serie di rocce che permette di leggere la storia geologica degli ultimi 160 milioni di anni.